Zu den Aufgaben des KI gehört die Fortbildung kirchlicher Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, insb. der Pfarrer und Pfarrerinnen der Evangelischen Kirchen im konfessionskundlichen und ökumenischen Bereich. Diese Aufgabe erfüllt das KI durch ein dreifaches Angebot von Grund-, Aufbau- und Spezialkursen, von denen jährlich zwei Kurse angeboten werden. Aus diesem Angebot ist die Möglichkeit einer zusätzlichen und berufsbegleitenden Qualifizierung erwachsen

Das Qualifizierungsprogramm „Berater/in für Konfessionskunde“ wird mit einer Prüfungsleistung abgeschlossen. Das Zertifikat wird auf Beschluss des Kollegiums des Konfessionskundlichen Instituts erteilt.

Die ersten fünf Zertifikate wurden am 29. Januar 2008 im Rahmen des Intensivseminars "Grundkurs Konfessionskunde" vergeben.

Näheres regelt eine eigene Ordnung: Ordnung des Zertifikats Berater/in für Konfessionskunde

Das Update Konfessionskunde für Teilnehmende und Zertifizierte der Intensivseminare wird ab 2011 jährlich angeboten, erstmals am 14.11.2011. 
Prospekt Update Konfessionskunde