Das Konfessionskundliche Institut wurde 1947 in der „Villa Brunnengräber“ in Bensheim gegründet. In der Folge des Zweiten Vatikanischen Konzils wuchs die Bedeutung der ökumenischen Arbeit - 1967 zog das Institut in ein größeres Dienstgebäude um.  Seit November 2007 arbeitet das Institut wieder am angestammten Ort. Nach seinem Gründer, dem zweiten hessen-nassauischen Kirchenpräsidenten, heißt die 1905 erbaute Villa seit 2005 „Wolfgang-Sucker-Haus“.

Die Bibliothek mit über 40.000 Bänden und die Dokumentation, die mehr als 200 Pressedienste kontinuierlich auswertet, bilden den Hintergrund für die Arbeit an den konfessionskundlichen Fragen der Gegenwart. Die Referate „Katholizismus“, „Ostkirchenkunde“ sowie „Freikirchen und Innerprotestantische Ökumene“ und vier Beratende Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beobachten und kommentieren die aktuellen Entwicklungen in der Ökumene. Pfarrerinnen, Pfarrer und andere Mitarbeitende profitieren jedes Jahr von mehreren Zeitschriften und Buchreihen, Tagungen und Intensivseminaren.

Das Konfessionskundliche Institut wird vom Evangelischen Bund, der Evangelischen Kirche in Deutschland sowie Landeskirchen wie der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau und der Evangelischen Kirche der Pfalz getragen. Vorsitzender des Kuratoriums ist Landesbischof Dr. Friedrich Weber (Wolfenbüttel). Ein Wissenschaftlicher Beirat aus acht Professorinnen und Professoren berät unter dem Vorsitz der Kirchenhistorikerin Prof. Dr. Gury Schneider-Ludorff (Neuendettelsau) das  Institut. Neben der Evangelischen Zentralstelle für Weltanschauungsfragen in Berlin arbeiten die „Bensheimer“ mit ökumenischen Partnerinstituten in mehreren europäischen Ländern zusammen. Institutsleiter ist seit 2007 Pfarrer Dr. Walter Fleischmann-Bisten.