Im November 2007 wurde das Dienstgebäude des Konfessionskundlichen Instituts geräumt und am 31. Dezember 2007 der neuen Eigentümerin, der Wohnbau Bergstraße, übergeben.

Im Sommer 2009 begann nach langwierigen Verhandlungen zwischen Eigentümerin und kommunalen Gremien der Abriss des 1967 errichteten Zweckbaus.

Vom renommierten Darmstädter Architekten Prange errichtet, dem Erbauer des Darmstädter Staatstheaters, bot das "neue und alte" Institut 40 Jahre lang Arbeitsmöglichkeiten für bis zu zwanzig MitarbeiterInnen. Dutzende PraktikantInnen erinnern sich an die Souterrain-Räume mit den vier Arbeitsplätzen. Unzählige BesucherInnen, nach 1989 vor allem aus Ost- und Südosteuropa, haben in den kärglichen Gästezimmern übernachtet, um die Bibliothek und die Fachberatung des Instituts zu nutzen.